2.兄妹恋
恋兄情结是这部作品中另一个极为深刻的感情纠葛，故事中的三对兄妹无一例外的陷入其中。
最明显的一对是桐生兄妹，七实完全把哥哥冬芽奉若神明。用薰干的话来说：有世界独一无二的哥哥在身边，其他男人全都是废物。七实喜欢冬芽，她总是粘着冬芽并排斥所有妨碍他们相处的存在，但七实对冬芽的强烈占有欲是出于仰慕而非男女之情，所以她无法接受冬芽对她的非礼。七实在思慕冬芽的同时期待着自己的王子，只是对她来说，那必须是胜过哥哥冬芽的男人才行（非常难的目标）。
最扭曲的一对是凤兄妹，为了得到革命世界的力量，凤晓生一手导演了“王子游戏”，而蔷薇新娘安希成为他的忠实棋子。本作中禁断的就是这对兄妹，他们的恋情是TV版中一切的原因和起点。
比较隐讳的一对是孪生兄妹薰干与薰梢。表面似乎彼此厌恶，实际则深深在意着对方。梢是为了引起干对自己的注意才故意滥交并成心选择干所讨厌的对象，而干被梢的行为所打击屡屡灰心。这两人实在都用错了方法，结果使对方误会而陷入不良循环，但血缘的紧密联结又使他们不可能放弃彼此。
3.BL
这在作品中比重较小，最明显的是御影草时和千唾马宫，这两人没有争议。草时想得到永恒的力量就是为了马宫。但被自己的愿望蒙蔽了眼睛的草时，在他面前出现的少年是真正的马宫还是记忆中的残影，大概连他自己都分不清。
在进入凤晓生篇后，凤晓生、冬芽和西园寺的关系变得严重暧昧，经常聚在一起拍大尺度相片，拍摄的场地堆放大量汽车，因为在TV版中车子有明显隐喻性爱的意味，所以这个场景常常使我有群P的错觉。此外，冬芽和西园寺在一起骑单车的时候，说道“好久没和你一起骑单车了”，甚至冬芽最后一战帮他拔剑的人就是西园寺。不过，这部分的设定有点做作，似乎是刻意制造暧昧氛围的，通篇来说，进入凤晓生篇后整部作品也开始变得色气满满。
4.娈童
剧场版中冬芽被养父命令留长发，后来直接被在菜地中扑倒。
五、一些小细节
1.TV版每一话中都会出现影绘少女A、B、C子，以话剧部排演的方式演出与本集内容相关的怪诞剧，可以看作对本集内容的概括、解说，A、B、C子在剧场版中则变为学校播音员的E、F子。
2.安希一直作为“蔷薇新娘”服从凤晓生的意志，缺乏自我意识。因此是没有“心”的傀儡，就像《EVA》中的凌波丽，剧场版将其没有自主意识具象化后表现为安希胸口处是一个空洞。
3.剧场版中则将欧蒂娜的头发改为了短发，更符合欧蒂娜王子与公主双重身份的特质。
4.剧场版中的凤晓生和冬芽都是死人，所以凤晓生可以给冬芽打电话，说“蔷薇王子的真实身份，其实是只苍蝇王，是身为魔女的妹妹用魔力将它变成了王子，当妹妹的魔力消失之后，王子也就变回原样了。”冬芽回答说“你为了要取回那失去的魔力，才设计了这场游戏，不过最后能得到的人，会是我哦。”而冬芽和枝织交媾后也化茧成蛾。不管是苍蝇还是蛾子，说明凤晓生和冬芽都只能依赖别人的执念而存在，他们自身已经徒剩卑微的灵魂。
5.剧场版的结尾，城堡和王子灰飞烟灭，欧蒂娜和安希赤身裸体冲入荒野，用监督几原邦彦的话说，“是想要表现一种不带任何东西、一丝不挂的、勇敢冲入真实的世界的感觉”，而留下断壁残垣的执念世界的肉身则全部变成失去灵魂的稻草人。
最后用剧场版的末尾一句话作结：
“虽然外面的世界没有道路，但可以开创出新的前途，所以我们一定要走下去才行，我们前进的有多远，这世界就会有多广阔，一定会的！”
我思故我在，意识有多远，世界有多大！
参考资料：
